Yvon Fontaine a été élu pour un mandat de quatre ans à la présidence de l’Agence universitaire de la Francophonie, le 18 mai 2009, lors de la tenue de sa 15e assemblée générale à Bordeaux en France.
"En élisant Yvon Fontaine, recteur de l'Université de Moncton au Canada depuis 2000, à la tête de l'Agence universitaire de la francophonie (AUF), les 500 universités de 51 pays, représentées lundi, lors de l'assemblée générale à Bordeaux, ont envoyé un signe fort : « la francophonie doit rayonner dans les territoires où elle est la moins présente ». Acadien, le nouveau président de l'AUF était le candidat de la « francophonie de la périphérie ». Il a été préféré aux deux autres candidats, Singaravelou, l'ancien président de l'Université Bordeaux 3 et Père René Chamussy, recteur de l'Université Saint Joseph de Beyrouth au Liban."in AQUI